L’intégration de l’Égypte dans l’Empire ottoman en 1517 donna à Alexandrie une nouvelle et vigoureuse impulsion. Libérée du rôle de ville frontière (thaghr) qu’elle avait encore sous les Mamelouks, la cité portuaire devint rapidement le carrefour essentiel d’un vaste réseau commercial qui ne se limitait pas seulement à l’Empire ottoman. Les liens séculaires que la ville avait entretenus avec les ports européens de la Méditerranée occidentale, en particulier avec Marseille et Venise, connurent eux aussi une réactivation importante. La multiplication des activités commerciales, artisanales et portuaires attira vers Alexandrie non seulement des populations venues de l’arrière-pays égyptien mais aussi des communautés issues de tout le pourtour de la Méditerranée. En même temps, la cité connut une importante expansion urbaine. Phénomène rarissime, celle-ci se traduisit par un véritablement glissement de la ville de son site ancien et fortifié hérité de l’Antiquité et de la période médiévale, vers un emplacement nouveau et sans doute plus approprié, localisé sur la presqu’île qui séparait les deux ports. Cette Alexandrie ottomane correspond aujourd’hui aux quartiers de Gumruk, Manshiyya et Anfûshî.

Le règne de Muhammad Ali (1805-1848) marque une nouvelle rupture dans l’évolution d’Alexandrie. Mise au service d’une politique commerciale vigoureuse, la cité méditerranéenne connaît, dans la première moitié du XIXe siècle, une croissance démographique fabuleuse, si rapide qu’elle en obère la croissance de la capitale. Elle se ralentit dans la seconde moitié du siècle, marquée en revanche par une extension rapide de la surface bâtie : après deux bons siècles de repli sur la péninsule, la ville intra-muros est repeuplée et les faubourgs se développent très au-delà de l’ancienne muraille. Le renouvellement quasi complet de la population, sur la base de deux formes divergentes d’immigration nationale et internationale, favorise l’invention d’un imaginaire, largement coupé du mouvement réel de la ville, mais qui réussit (notamment grâce à la littérature) à s’imposer jusqu’à nos jours.

En dépit de ce caractère exceptionnel, l’histoire de la ville reste encore très largement méconnue pour cette longue période allant du XVIe siècle au XXe siècle. En dehors de la période coloniale (1882-1936), la ville n’a guère retenu l’attention des chercheurs et historiens. Pourtant les sources sont innombrables. Les archives nationales d’Égypte, mais aussi celles des villes ou pays qui ont entretenu des relations étroites avec Alexandrie, conservent des documents par milliers, voire par centaines de milliers. Le terrain — entendons par là un tissu urbain et un bâti qui remontent à la période ottomane et qui sont encore partiellement conservés — ainsi que la cartographie (lien hypertexte) et l’iconographie (lien hypertexte) anciennes et modernes constituent d’autres sources de données fondamentales.